Center odličnosti Okoljske tehnologije
Jamova 39
1000 Ljubljana
Slovenija
 

GOZDARSKI INŠTITUT SLOVENIJE

Seznam opreme za ekofiziološke raziskave Programske skupine Gozdna biologija, ekologija in tehnologija GIS (P4-0107):

Li-COR 6400 P je osnovni, odprt merilni sistem za merjenje fotosinteze. Instrument je kompakten, primeren za terensko delo in se odlikuje po preprostem rokovanju. Zaradi lastnega vira svetlobe je neodvisen od vremenskih razmer, IRGA v glavi sensorja omogoča popolno kontrolo parametrov in njihov prikaz v realnem času brez časovnega zaostanka; pred shranjevanjem podatkov je mogoč njihov izpis ali grafičen prikaz. 

   
 

Nadgradnja instrumenta omogoča merjenje fluorescence ali merjenje pretoka CO2 v tleh.

WinSCANOPY (Regent) je sistem za analizo sončevega sevanja s pomočjo sferičnih posnetkov. Analiza posnetkov, ki temelji na ločevanju barv upošteva sončeve poti in omogoča posredovanje niza parametrov za izbrano lokacijo (delež direktnega, difuznega sevanja, količina sevanja nad/ pod sestojem, indeks listne površine…)

 

Tlačna komora (Skye) / Scholandrova bomba/ je sistem za merjenje vodnega potenciala, omogoča vpogled v vodno preskrbo rastlin in vodnega stresa z merjenjem ksilemskega vodnega potenciala.

   

MOLEKULARNA ANALIZA BIOLOŠKIH VZORCEV V LABORATORIJU ZRO ZA GOZDNO FIZIOLOGIJO IN GENETIKO (FIGE)

Metoda molekularne analize nam omogoča pridobivanje molekularnih markerjev iz DNK in možnost identifikacije poljubnega biološkega materiala (glive, ektomikoriza, rastline, bakterije, živali) na nivoju PCR produkta, RFLP ali DGGE/TGGE vzorcev ali zaporedja nukleotidov (sekvence). Markerji so lahko sami po sebi rezultat (npr. prisotnost nekega organizma v preiskovanem vzorcu) oziroma jih lahko primerjamo z referenčnimi zbirkami (Herbarij in mikoteka GIS, Slovenska gozdna genska banka) in bazami podatkov (PCR-RFLP bazi podatkov za glive in za smreko na Gozdarskem inštitutu Slovenije ter GenBank, UNITE, dostopni na medmrežju), z namenom identifikacije organizma, izključitve, iskanja podobnosti, filogenetskih študij in drugo.

Metoda temelji na zaporedju postopkov:

RFLP ------------------> analiza, primerjava z bazo in interpretacija
ekstrakcija DNK ---> PCR ---> sekvenciranje----------> analiza, vzporejanje, primerjava, filogenija DGGE (v pripravi)---> analiza, primerjava, interpretacija

V laboratoriju FIGE imamo trenutno razvite ali so v razvoju molekularne metode za analizo:

  •  tipov ektomikorize iz vzorcev zemlje ali in vitro kulture (ektomikorizne korenine)
  • trosnjakov gliv in drugega glivnega materiala
  • identifikacijo gliv/bakterij/...drugih mešanih vzorcev (rizosfera, endofiti, simbiontske strukture)
  • bakterijskih kultur (mešane in čiste; primarno talnih vzorcev; npr. Frankia spp)
  • analizo in identifikacijo gozdnega reprodukcijskega materiala (Picea, Fraxinus, Quercus spp.)
  • mešanih vzorcev fitopatološkega laboratorija (z namenom determinacije povzročitelja bolezni)
  • živalskega materiala (v pripravi)

Laboratorij deluje v skladu z zahtevami standarda EN ISO/IEC 17025:2002 (v pripravi za akreditacijo po omenjenem standardu).

Glavne reference, vezane na metode:

  • Cankar K., Kraigher H., Ravnikar M., Rupnik M. 2005. Bacterial endophytes from seeds of Norway spruce (Picea abies L. Karst). FEMS Microbiology Letters 244:341-345.
  • Gerič B., Rupnik M., Kraigher H. 2000. Isolation and identification of mycorrhization helper bacteria in Norway spruce, Picea abies (L.) Karst. Phyton Annales rei Botanicae, 40, 4: 65-70.
  • Grebenc T., Kraigher H. 2000. Postavitev baze podatkov PCR-ITS-RFLP za mikorizne glive in tipe ektomikorize na smreki iz trajne raziskovalne ploskve GIS na Pokljuki. V: Rizosfera. (Strokovna in znanstvena dela; 118) Ljubljana, Gozdarski inštitut Slovenije : 179-190.
  • Grebenc T., Rupnik M., Hacin J. I., Janc M., Kraigher H. 1999. A contribution to the studies of actinorhizal symbioses of Alnus spp. in Slovenia. Phyton Annales rei Botanicae, 39, 3: 207-211.
  • Kraigher H., Agerer R., Javornik B. 1995. Ectomycorrhiza of Lactarius lignyotus on Norway spruce, characterised by anatomical and molecular tools. Mycorrhiza, 5: 175-180.
  • Pučko M., Grebenc T., Ribarič Lasnik C., Božič G., Konnert M., Kraigher H. 2005. Effects of biotic stress on seed quality and antioxidant content in Norway spruce trees from seed stands in Slovenia. Phyton Annales rei Botanicae (v tisku).


SEZNAM POMEMBNEJŠE OPREME V LABORATORIJU FIGE IN MIKROSKOPIRNICI GIS

  • ABI Prism 310, sistem za sekvenčno in fragmentno analizo
  • AMB 50, aparat za določanje vlage v vzorcu
  • Aparat za varjenje plastičnih materialov, VIRO
  • Apple Power Macintosh G5-Dual 2.5 GHz (s programsko opremo za analizo restrikcijskih vzorcev, analizo sekvenc in filogenetske analize)
  • Avtoklav (Kambič-manjši) in tip 500 (Sutjeska-večji)
  • BioCane Cryobiological Storage Vessel (Denver posoda za tekoči dušik)
  • Centrifuga 5417 C (Eppendorf) in LC-321 (Tehtnica)
  • Aparat za merjenje fotosinteze s pripadajočo opremo
  • Digitalni higro-termometer DHT I
  • Ductless fume enclosures (mobilni digestorij)
  • Električni stresalnik Vibromix 204 EV (»vortex«)
  • Evaporator Eppendorf
  • GeneAmp PCR System 9700 (96-well silver plate & 96-well gold plate)
  • Hladilna omara HO 1450 GKV in HO 650 GKV, hladilnik RS 21 FCMS, hladilno zamrzovalna omara H20S 303-H20 30.5D
  • HPLC Spectra-Physics: Solvent degassers SCM400 / Gradient pumps P4000 / UV/VIS detectors UV2000 / Super fraction collector SF-2120 – Advantec/ Chromjet integrator CH2 (SP4400 Integrator)
  • ImmunoWash Model 1575 & ELISA plate reader
  • Inkubator s stresalnikom IS 200K in pripadajočo opremo
  • Kalilna komora (Weiss), klima-rastna komora LTH
  • Klimatska postaja z opremo
  • Lupa in mikroskop s kamero in sistemom za računalniško analizo slike (Olympus & Image AnalySIS)
  • Lupa, Carl Ziess, Jena
  • Luxmeter PLM 4 (Elektromehanika)
  • Mehčalec vode RD 6000
  • Mikroklima (fitotron) MC1000 (Snijders Scientific)
  • Milli-Q sistem za proizvodnjo sterilne bidestilirane vode
  • Mini-Transilluminator (UV transiluminator)
  • Neavtomatska tehtnica – analitska – elektronska, AC 210 P
  • pH meter
  • Polaroid GELCam kamera
  • Power Pac (usmerniki za elektroforezo, več kompletov in modelov)
  • ProfiCool hladilnik za elektroforezo
  • Rentgen Balteaubloc BL 100/5
  • Rotavapor (s pripadajočo opremo Buchi)
  • Sistem za DGGE
  • Sistem za zajemanje slike gelov GelDoc
  • Sterilizator – inkubator WTB Binder B28
  • Sterilizator ST-06 (suhi)
  • Sub Cell Gel Electrophoresis System (več kompletov in modelov)
  • Tehtnica Exacta 1200EB in zaščitna komora
  • Termostatirana omara Termo 120K
  • Varilec vakuumski, impulzni, Handvac HV450 s priključki za stisnjen zrak
  • Vodna kopel Memmert (WB/OB 7)
  • Zamrzovale omare (do –25C), več kosov
  • Zamrzovalna omara HFU 486 Basic, Kendro/Heraeus (do –85C)
  • Zaščitna brezprašna vertikalna komora tip LFVP 12 in tip M12 namizna
  • Zmrzovalne omare: HO 600 BEM, HO-1300 BEM, HZO-600 BEZM